Mónica Vergara inició en el futbol femenil a los 13 años, participó en la Copa Mundial Femenina que se disputó en Estados Unidos en 1999 a la edad de 16 años, siendo la primera mexicana más joven, en ese entonces en disputar un Mundial. Hizo su debut contra Alemania en el minuto 63, México perdió 6-0. Su proceso como jugadora pasó por la Copa del Mundo Sub 20, Juegos Olímpicos Grecia 2004 (cuartos de final) y dos participaciones en Copa Oro 2002 y 2006 (tercer lugar), 4 Juegos Panamericanos, consiguiendo tres medallas; plata en Winnipeg 1999, bronce en Santo Domingo 2003 y Guadalajara 2011.

Cuando terminó su carrera como futbolista, comenzó sus estudios en la Escuela Nacional de Directores Técnicos donde era la única  mujer y se graduó tres años después con licencia tipo A. También participó en el primer Programa de Formación de Entrenadoras de la FIFA en el que la legendaria entrenadora Jill Ellis, quien fue su mentora y una de las referentes de Mónica. En el 2011 inició su carrera como Auxiliar de Leonardo Cuéllar, en la Copa del Mundo del 2011 celebrado en Alemania, después lo acompaño en los Juegos Centroamericanos de 2014 y en el Preolímpico de 2016. Ya como entrenadora solitaria dirigió a la Sub-15 en los Juegos Olímpicos de la Juventud en Nanjing 2014, obteniendo la medalla de bronce, para después dar el salto a la Sub-17.

Para el 2018 toma la Selección Sub-17 y las lleva hasta al mundial de la especialidad celebrada en Uruguay. Su grupo estaba conformado por Japón, Brasil y Sudáfrica, en cuartos de final le ganó a Ghana vía penales, el 28 de noviembre se enfrentó a Canadá ganándoles por la mínima y en la gran final se enfrentaron a España perdiendo 2-1. Mónica se convirtió en la primera mujer en dirigir a una selección en una justa mundialista y en ganar el segundo lugar.

El día de hoy ante la sorpresiva despedida de Christopher Cuellar, el director general deportivo de la Selección, Gerardo Torrado anunció a Mónica Vergara como nueva entrenadora de la Selección Femenil Mayor. «Confiamos en nuestra propia gente en las Selecciones Femeniles. Es por eso que hoy nombramos a Mónica Vergara Directora Técnica de nuestra Selección Mayor» anunció Torrado. También dio a conocer a Maribel Domínguez como DT de la sub-20 y Ana Galindo para dirigir la sub-17